侧柏是乔木,高达20余米,胸径1米;树皮薄,浅灰褐色,纵裂成条片;枝条向上伸展或斜展,幼树树冠卵状尖塔形,老树树冠则为广圆形;生鳞叶的小枝细,向上直展或斜展,扁平,排成一平面。
叶鳞形,长1-3毫米,先端微钝,小枝中央的叶的露出部分呈倒卵状菱形或斜方形,背面中间有条状腺槽,两侧的叶船形,先端微内曲,背部有钝脊,尖头的下方有腺点。
雄球花黄色,卵圆形,长约2毫米;雌球花近球形,径约2毫米,蓝绿色,被白粉。
球果近卵圆形,长1.5-2(-2.5)厘米,成熟前近肉质,蓝绿色,被白粉,成熟后木质,开裂,红褐色;中间两对种鳞倒卵形或椭圆形,鳞背顶端的下方有一向外弯曲的尖头,上部1对种鳞窄长,近柱状,顶端有向上的尖头,下部1对种鳞极小,长达13毫米,稀退化而不显著。
侧柏种子卵圆形或近椭圆形,顶端微尖,灰褐色或紫褐色,长6-8毫米,稍有棱脊,无翅或有极窄之翅。花期3-4月,球果10月成熟。
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